Als Vorreiter des heutigen Stadtmuseums wurde das Heimatmuseum im alten Rathaus 1963 vom Heimatverein eingerichtet und fast drei Jahrzehnte lang von Karl Fromm mit viel Liebe und persönlichem Einsatz betreut.

Der Sammelleidenschaft Karl Fromms war das alte Rathaus jedoch bald nicht mehr gewachsen. Räumliche Enge und ungünstige Klimaverhältnisse bedrohten den Erhalt der Sammlung und machten Veränderungen dringend erforderlich.

Mit der Bereitstellung geeigneter Räumlichkeiten im Martinsheim und der Zusage finanzieller und personeller Unterstützung ermöglichte die Stadt Marktoberdorf 1990 den Beginn der Neugestaltung des Museums.

Nachdem Karl Fromm sein Amt aus Altersgründen aufgeben musste, übernahm eine Arbeitsgruppe des Heimatvereins die Museumsbetreuung. Unter der Leitung von Wolfram Mantler wurden in ehrenamtlicher Kleinarbeit rund 3000 Museumsobjekte auf Karteikarten erfasst, fotografiert, sachgerecht verpackt und in das Martinsheim transportiert.

Während der Umzugsvorbereitungen und der nun folgenden zweijährigen Planungs- und Einrichtungsphase fanden Stadt und Heimatverein die Unterstützung der Landesstelle für die Nichtstaatlichen Museen in Bayern, welche die Kunsthistorikerin und wissenschaftliche Mitarbeiterin Eva Haupt M. A. nach Marktoberdorf vermittelte. Frau Haupt konzipierte einen Museumsrundgang durch die Geschichte der Stadt in Zusammenarbeit mit der Stadt Marktoberdorf, der Landesstelle, dem Heimatverein und dem Landesamt für Denkmalpflege. Zudem wurde das Team von Bürgern aus Marktoberdorf und Umgebung durch Spenden, Leihgaben und ortsgeschichtliche Informationen unterstützt.

Neben einem Innenarchitekten, einem Schreinermeister sowie den Fotografen Edi Baumgartner und Peter Herbst waren auch Restauratoren an der Neukonzeption beschäftigt. Nicht zuletzt trugen viele Helfer und Helferinnen, allen voran die unermüdliche Arbeitsgruppe des Heimatvereins dazu bei, dass das Museum termingerecht am 24. Juli 1992 eröffnet werden konnte.

Nach der Eröffnung kümmerten sich die Ehrenamtlichen vom Heimatverein, insbesondere Frau Emilie Eigler, um die Betreuung des Stadtmuseums. Frau Eigler konzipierte zahlreiche Sonderausstellungen und führte unzählige Gruppen durch die Marktoberdorfer Geschichte.Von 2000 bis 2005 wurde das Museum nebenamtlich von Kay Reinhard und zwischen 2010 und 2014 von Katharina Maier betreut. Seit 2014 leitet die Historikerin Josephine Berger das Stadtmuseum Marktoberdorf. 

Seit den Anfängen des Stadtmuseums stellt der Heimatverein aus seinen Mitgliedern zudem die Aufsichten für die Öffnungszeiten. Außerdem finden regelmäßig Museumsfeste durch die gute Zusammenarbeit von Stadt und Heimatverein statt. Bei Interesse an einer ehrenamtlichen Mitarbeit im Stadtmuseum sind Geschichtsneugierige gerne dazu eingeladen, sich bei der Museumsleitung Josephine Berger (08342 4008-81) oder dem zweiten Vorstand Hannelore Leonhart (08342 1285) zu melden.